Le 24 janvier 1798, la Révolution vaudoise éclate sous l’influence des idées de la Révolution française. Des comités patriotes, appuyés par la France, proclament l’indépendance à Lausanne et mettent fin à l’autorité des baillis bernois, ouvrant une nouvelle phase politique pour le Pays de Vaud.
En 1536, la conquête bernoise du Pays de Vaud entraîne un profond changement politique et institutionnel. Après la capitulation de Moudon et la soumission de la région, Berne réorganise le territoire en bailliages. Chapelle est intégrée au bailliage de Moudon, administré depuis le château de Lucens, et la Réforme est imposée dans l’ensemble du pays soumis à l’autorité bernoise.
Vers 1360, le village est frappée par une nouvelle épidémie de peste, bientôt suivie d’un incendie qui ravage le village. Ces catastrophes successives achèvent de ruiner une communauté déjà fortement affaiblie, provoquant d’importantes pertes humaines et matérielles et accentuant durablement le déclin démographique et économique du site.
Au début du XIVᵉ siècle, la plus grande partie de Chapelle-Vaudanne passe sous l’autorité du comte de Savoie, probablement à la suite du démembrement et de la recomposition des possessions seigneuriales autour de Moudon. Cette intégration marque une rupture institutionnelle : le village quitte une organisation essentiellement locale pour s’inscrire durablement dans les cadres administratifs et juridiques de la seigneurie savoyarde.
La forme « Capella Vaudanne » apparaît dans les sources comme une étape décisive de l’évolution du toponyme. Elle témoigne de l’adaptation progressive du qualificatif issu de Waldana aux usages romans locaux et précède la francisation définitive en « Chapelle–Vaudanne », désormais stabilisée dans les documents modernes.
À l’aube du XIIIᵉ siècle, le lieu qui deviendra Chapelle-sur-Moudon est mentionné pour la première fois sous la forme latine Capella. Cette appellation renvoie à l’existence d’une petite chapelle, élément structurant du territoire au haut Moyen Âge, autour duquel s’organise progressivement l’habitat et l’identité du lieu.